Aktywną działalność człowieka zmierzającą do poprawy stanu środowiska lub jakiejś konkretnej populacji organizmów nazywamy ochroną czynną. Suwalski Park Krajobrazowy przy współpracy z innymi instytucjami lub organizacjami pozarządowymi prowadził i prowadzi na swoim terenie akcje ochrony czynnej poświęconej ochronie przyrody tego obszaru. Realizacja tych przedsięwzięć jest często uzależniona od pozyskania zewnętrznych źródeł finansowania.
Przykłady czynnej ochrony przyrody zrealizowanej przez Suwalski Park Krajobrazowy:
Ochrona muraw kserotermicznych. Ochrona czynna polega na usuwaniu samosiejek drzew i krzewów ze stoków, na których wykształciły się murawy kserotermiczne z rzadkimi, chronionymi gatunkami roślin ciepło i sucholubnych. Dawniej na stokach tych prowadzono wypas bydła lub owiec. W miejscach, w których zaprzestano wypasu następuje sukcesja naturalna, która zacieni stoki i w konsekwencji wyprze gatunki charakterystyczne dla muraw.
Ochrona miejsc zimowania nietoperzy. Ochrona czynna polega na remoncie nieużytkowanych piwnic ziemianek, w których w naszym regionie zimują nietoperze. Drobne remonty i naprawy mają za zadanie stworzenie w piwnicach warunków, jakie panują w ziemiankach wykorzystywanych do przechowywania warzyw i innych płodów rolnych. W takich zadbanych piwnicach temperatura jest stale niska, panuje odpowiednia wilgotność, nie ma przeciągów i nie grozi im przemarzanie. Są to znakomite warunki zarówno dla warzyw, jak i zimujących nietoperzy.
Ochrona tras wiosennej migracji płazów. Ochrona czynna polega na zapewnieniu płazom bezpieczeństwa, gdy na wiosnę opuszczając zimowiska i zmierzając do zbiorników wodnych na gody muszą przekraczać szosy, na których często i licznie giną. Tańszym sposobem ochrony jest stawianie płotków, które uniemożliwiają wkraczanie płazów na drogę. Trzeba jednak wtedy regularnie przenosić przez drogę zgromadzone przy płotkach zwierzęta, aby mogły dojść tam, gdzie chciały. Droższym sposobem, za to rozwiązującym problem na trwałe, jest budowa przejść pod jezdnią umożliwiających swobodne i bezpiecznie przechodzenie płazów o każdej porze roku.
Ochrona miejsc lęgowych ptaków. Ochrona czynna polega na tworzeniu dogodnych miejsc lęgowych w miejscach, w których ptaki mają problemy z samodzielnym znalezieniem lub stworzeniem tych miejsc. W ramach akcji ochrony miejsc lęgowych postawiliśmy słupy z platformami pod gniazda bocianie w miejscach, gdzie ich poprzednie gniazda stwarzały konflikty. Do akcji ochrony miejsc lęgowych zaliczamy także rozwieszanie budek lęgowych dla dziuplaków w rejonach, gdzie brakuje drzew dziuplastych.