Lasy porastają około 20 % powierzchni Parku. Największą lesistością odznacza się północna część tego obszaru. Lasy występują z reguły na wzniesieniach i w pobliżu jezior. W strukturze wiekowej przeważają drzewostany młode (20–40 lat), a zaledwie 5 proc. lasów ma powyżej 60 lat. Skład gatunkowy jest stosunkowo mało urozmaicony. Największy udział ma świerk pospolity (33%) i sosna zwyczajna (30%), olsza czarna (17%) i brzoza brodawkowata (14%). Dąb szypułkowy, jesion wyniosły, klon zwyczajny, topola osika i wierzby występują jako domieszka.
Spośród siedmiu zespołów leśnych Parku najbardziej rozpowszechnione są lasy mieszane świeże isosnowo-świerkowe bory mieszane.Jednocześnie są to lasy najbardziej wykorzystywane gospodarczo, a co za tym idzie, najsilniej przekształcone. W drzewostanie dominuje świerk z domieszką gatunków liściastych, głównie brzozy brodawkowatej, lipy drobnolistnej, grabu i jarzębu pospolitego. W runie tych zespołów występuje wiele rzadkich gatunków, takich jak np.: dzwonek brzoskwiniolistny, okrzyn szerokolistny, naparstnica zwyczajna.
Znaczne powierzchnie lasów w części północnej parku zajmuje grąd subkontynentalny Tilio-Carpinetum, charakteryzujący się dużą żyznością siedlisk i bogatym składem gatunkowym. Dominatem tego zespołu jest głównie lipa drobnolistna i grab pospolity. Domieszkę stanowi jesion wyniosły, klon zwyczajny, dąb szypułkowy, leszczyna pospolita, trzmielina brodawkowata i jarząb pospolity. Do rzadkich gatunków związanych z zespołem grądowym należy paprotnica krucha, wawrzynek wilczełyko, bluszcz pospolity,lilia złotogłów, naparstnica zwyczajna, podkolan zielonawy, wyka zaroślowa.
Brzegi cieków wodnych oraz wilgotne zagłębienia terenu zajmują łęgi olszowe Circaeo-Alnetum. Osobliwością tego zespołu jest łęg (ols) jesionowo-olszowy Fraxino-Alnetum szczególnie dobrze wykształcony w obrębie tzw. torfowisk wiszących, będących rozległym systemem źródlisk, a występujących nad północnym i północno-zachodnim brzegiem jeziora Jaczno oraz w górnym biegu rzeki Szeszupy. Nad jeziorem Jaczno, u podnóża stromych zboczy tworzących nieckę zbiornika, wykształcił się rozległy system torfowisk źródliskowych, ciągnący się pasem szerokości 30–60 m na przestrzeni około 800 metrów. Drzewostan łęgu złożony jest głównie z olszy czarnej z domieszką jesionu wyniosłego i świerka pospolitego. Bujną warstwę ziół buduje ostrożeń warzywny, szczyr trwały, gwiazdnica gajowa, gajowiec żółty. Osobliwość tego obszaru stanowi obecność skrzypu olbrzymiego licznie występującego w Polsce południowej, na Suwalszczyźnie natomiast będącego rzadkością florystyczną. Gatunek ten należy do tzw. elementów górskich na niżu i osiąga nad Jacznem kres swojego północnego zasięgu. Obok skrzypu olbrzymiego w obrębie łęgu źródliskowego można natknąć się na łany czosnku niedźwiedziego, czartawę pośrednią, mannę gajową, wyblin jednolistny, kruszczyka błotnego i niezapominajkę leśną.
Ciekawy jest również skład gatunkowy łęgu na południe od jeziora Perty, określanego jako Circaeo-Alnetum wariant Betula pubescens. W drzewostanie wyraźnie dominuje tu brzoza omszona, której towarzyszy domieszka świerka pospolitego wykazującego tendencję do zwiększania swojego udziału, co prowadzi prawdopodobnie do sukcesji od torfowiska przejściowego do boru świerkowego torfowcowego, charakterystycznego dla obszaru borealnego.
Spośród łęgów interesujący jest również łęg olszowy gwiazdnicowy Stellario-nemorum-Alnetum glutinosae występujący w Suwalskim Parku Krajobrazowym jedynie na niewielkiej przestrzeni na południe od wsi Hańcza. Zespół ten wykształca się w sąsiedztwie strumieni, na płaskim terenie o dobrym drenażu. Charakterystyczny dla niego jest nieznaczny udział roślin zielnych przy jednoczesnym bogactwie gatunkowym warstwy mszystej.
Mniejszą powierzchnię w porównaniu z łęgami zajmują olsy z zespołu Carici elongatae-Alnetum, występujące w zatorfionych obniżeniach z wodą stagnującą. Rozwojowi tego typu zbiorowiska na terenie Suwalskiego Parku Krajobrazowego nie sprzyja urozmaicona rzeźba terenu oraz duża przepuszczalność gruntów.
Bardzo interesującym i zasługującym na uwagę jest zespół sosnowego boru bagiennego (łochyniowego) Vaccinio uliginosi-Pinetum, który porasta torfowisko wysokie w otulinie Parku, nad Jeziorem Czarnym. Drzewostan stanowi tu głównie sosna zwyczajna z domieszką świerka pospolitego oraz brzozy brodawkowatej iomszonej. Bogata warstwa runa obfituje w gatunki rzadkie i reliktowe – subarktyczne bagno zwyczajne iżurawinę błotną oraz gatunki borealne, charakterystyczne dla strefy tajgi i lasotundry – borówka bagienna (łochynia), wełnianeczka alpejska czy modrzewnica zwyczajna.