Obszar Natura 2000 jest jedną z form ochrony przyrody, która może częściowo lub całkowicie pokrywać się z innymi formami ochrony. Na terenie Suwalskiego Parku Krajobrazowego ustanowiono obszar Natura 2000 Ostoja Suwalska, który w 100% pokrywa się z terenem parku. Dla każdego obszaru Natura 2000 ustalane są przedmioty ochrony, czyli siedliska oraz cenne gatunki roślin i zwierząt, które podlegają szczególnej ochronie na tym konkretnym terenie.
Przedmiotami ochrony na obszarze Natura 2000 Ostoja Suwalska są:
Siedliska:
twardowodne oligo- i mezotroficzne zbiorniki wodne z podwodnymi łąkami ramienic Charetea; murawy kserotermiczne; niżowe murawy bliźniczkowe; zmiennowilgotne ląki trzęślicowe; ziolorośla nadrzeczne; niżowe świeże łąki użytkowane ekstensywnie; torfowiska przejściowe i trzęsawiska; obniżenia na podłożu torfowym z roślinnością ze związku Rhynchosporion; torfowiska nakredowe (Cladietum marisci, Caricetum buxbaumii, Schoenetum nigricantis); nizinne torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk; grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny; bory i lasy bagienne; łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe
Rośliny:
rzepik szczeciniasty, lipiennik Loesela
Zwierzęta:
mopek, nocek łydkowłosy, bóbr europejski, wydra, traszka grzebieniasta, kumak nizinny, koza (ryba), głowacz białopłetwy, skójka gruboskorupowa, czerwończyk nieparek, czerwończyk fioletek