Jeziora SPK charakteryzują się dość dużym udziałem zbiorników mezotroficznych i mezoeutroficznych. Niski stopień żyzności wód wynika z faktu znacznego zasilania jezior przez źródła i wysięki wód podziemnych. Jest to również wynik stosunkowo niskiego stopnia narażenia na zanieczyszczenia związane z działalnością człowieka. Ma to oczywiście wyraźne odbicie w zróżnicowaniu zespołów roślinnych zbiorników wodnych. W akwenach o najniższej żyzności, do których należy µ-mezotroficzne jezioro Hańcza i Perty oraz i b-mezotroficzne Jaczno, roślinność jest bardzo uboga. Jezioro Hańcza charakteryzuje wysoki i kamienisty brzeg, zwany litolitoralem, którego stok stromo urywa się ku zagłębieniu jeziornemu. Przy tego rodzaju brzegu warstwa osadów dennych jest nieznaczna. Trudno więc mówić o roślinności brzegowej. Jedynie płytkie, kamieniste zatoki porasta niewielkimi płatami trzcina pospolita i skrzyp bagienny. Wśród roślin zanurzonych nieliczna jest rdestnica przeszyta i moczarka kanadyjska. Natomiast rozległe, podwodne łąki tworzą delikatne nibyłodygi ramienic, które preferują wody czyste, przezroczyste i głębokie. Największe powierzchnie porasta ramienica przeciwstawna, ramienica szorstka i ramienica zwyczajna. Ogólnie powierzchnia pokrycia dna jeziora Hańcza przez makrofity stanowi zaledwie 14 proc. powierzchni jeziora, zawierając się między izobatami 0-5 m.
Roślinność jezior eutroficznych, do których należy większość akwenów Suwalskiego Parku Krajobrazowego wykazuje typową strefowość. W wodach tych stwierdzono obecność ponad czterdziestu zespołów roślinnych mających często charakter borealny i subborealny, np. zespół rdestnicy szczecinolistnej, grążela drobnego, grzybieni północnych. Interesującymi gatunkami spotykanymi w jeziorach Parku są owadożerne pływacze: średni i drobny, kłoć wiechowata, przęstka pospolita.