Niewielkie, owalne zagłębienia terenu, zarastające płytkie zatoki jezior oraz sąsiedztwo rzek zajmują torfowiska, najczęściej niskie i przejściowe. Skład gatunkowy mszaków tych zbiorowisk jest dość słabo poznany. Z punktowych badań wynika jednak, że grupę tę reprezentuje wiele gatunków stanowiących relikty glacjalne (skorpionowiec brunatnawy Scorpidium scorpioides, błotniszek wełnisty Helodium blandovi, drabinowiec mroczny Cinclidium stygium, błyszcze włoskowate Tomentypnum nitens, mszar krokiewkowaty Paludella squarossa). Dość dobrze natomiast rozpoznana jest flora naczyniowa, bogata w gatunki rzadkie, często również będące reliktami polodowcowymi (rosiczka okrągłolistna i długolistna, grzybienie północne, dziewięciornik błotny, siedmiopalecznik błotny, kruszczyk błotny, wyblin jednolistny, lipiennik Loesela). Bardzo interesujące torfowiska przejściowe znajdują się na obrzeżach jeziora Linówek w rezerwacie „Rutka” i w Błaskowiźnie na wschód od jeziora Hańcza i Boczniel, ze znacznym udziałem we florze gatunków borealnych, rzadkich w Polsce, takich jak: wełnianeczka alpejska, turzyca strunowa, turzyca obła, turzyca bagienna, rosiczka długolistna, torfowiec brunatny Sphagnum fuscum, Sphagnum majus, Sphagnum platyphyllum, skorpionowiec brunatnawy Scorpidium scorpioides, Cinclidium stygium i Campylium elodes. Dla SPK charakterystyczne są również torfowiska źródliskowe.