Teren Suwalskiego Parku Krajobrazowego leży w obrębie geobotanicznego działu północnego. Na bogactwo siedliskowe i gatunkowe tego obszaru niewątpliwy wpływ miało stosunkowo niedawne ustąpienie lodowca, związana z jego działalnością urozmaicona rzeźba terenu, surowość klimatu oraz rozległe otwarte krajobrazy, poprzeplatane niewielkimi kompleksami leśnymi i bagnami.
W okresie ostatnich pięciuset lat bardzo ważnym czynnikiem kształtującym szatę roślinną tego obszaru była również gospodarcza działalność człowieka. Pod koniec XIII wieku, po klęsce Jaćwieży, na niezamieszkałe prawie przez kolejne trzy stulecia tereny, „weszła” potężna puszcza. Poczynając od XVII wieku, wraz z falą nowego osadnictwa, dziewicze ostępy leśne prawie całkowicie przekształcone zostały w pola uprawne. Zespoły roślinne o naturalnym charakterze zachowały się przede wszystkim w lasach północnej części Parku, w okolicach jezior: Hańcza, Jaczno, Kojle, Perty oraz na niektórych torfowiskach.
Mimo wyraźnych przekształceń flora tego terenu jest bardzo bogata. Występuje tu około 700 gatunków roślin zielnych, pośród których stwierdzono obecność gatunków podlegających ochronie oraz gatunki uznane za rzadkie i zagrożone, w tym znajdujące się w Polskiej czerwonej księdze roślin. Młodoglacjalny krajobraz oraz surowy klimat sprzyjają obecności na tym terenie wielu rzadkich gatunków, które stanowią relikty glacjalne oraz gatunki o charakterze borealnym (północnym). Należy do nich wielosił błękitny Polemonium coeruleum,wełnianeczka alpejska Baeothryon alpinum, modrzewnica zwyczajna Andromeda polifolia,bażyna czarna Empetrum nigrum,żurawina błotna Oxycoccus palustris, grzybienie północne Nymphaea candida,borówka bagienna (łochynia) Vaccinium uliginosum.Charakterystycznym gatunkiem pochodzenia północnego jest pospolicie występujący świerk pospolity Picea abies.